实验动物屏障设施的温度和湿度需要常年保持在一定范围内，而这些的实现均需通过空调系统完成。近年来，实验动物屏障设施的空调系统统以全新风直流式洁净中央空调系统为主。尽管建设之初投资运转费用较高，但老式的回风进人洁净区，可能引起各区域之间交叉污染和气味累的问题，而全新风空调方式在此方面显示了较大的优越性。因为夏季降温、冬季取暖都是使用一套设备来完成的，这就存在运行模式转换的问题，因此可以通过热泵实现节能的目的。根据泵吸取热量的低温热源种类的不同，热泵大致可分为空气源热泵、地源热泵、复合热泵。

新风经空调机组新风段进入初效过滤段初步过滤新风中的尘埃颗粒，进入表冷段对空气进行冷却除湿，再经过加热、加湿段对空气进行加热及加湿，再经风机段将空气送出，最经中效过滤段对空气进行过滤送往室内。空调系统末端设置风量调节阀、末端空气加热器高效过滤器，最终将符合室内温湿度要求、洁净度要求的空气送入房间。为避免一部分未经过过滤的空气渗透到风机段吸人端，中效过滤器通常放置在空调机组末端，保证所有供给空气都经过中效过滤段。机组内部的加热器、加湿器、表冷器并不同时使用，应根据实际情况分别使用。

房间内的空气经末端风量调节阀及排风机排出室外，末端风量调节阀宜为电动阀门，可自动控制房间的相对压差。排出空气需经过一定的处理，以满足环保要求。实验动物设施常用的废气处理技术通常有吸附法、吸收法和光催化氧化法等。

此外，在空调通风系统中，新风能耗占了较大的比例。实验动物屏障设施内有新风进入，必有等量的室内空气缓慢排出。这些排风相对于新风来说，含有热量(冬季)或冷量(夏季)。屏障系统的排风是有组织的，因此有可能通过新风与排风的热湿交换，从排风中回收热量或冷量减少新风的能耗。

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